Código
El solo hecho de agregar la letra n a la salida, nos deja el nombre del archivo solo, sin extensión.
ffmpeg.exe -i "%~1" -c:v libvpx -crf 6 -b:v 2M "%~n1.webm"
Muy util ademas si quieres que todos los webm salgan a una carpeta específica.
Salú!