Gracias por responder drvy   
Te cuento, el codigo al parecer funciona, me elimina los .php, pero por alguna manera no viajan las variables, te explico
tengo mi primera pagina que es el host/index.php que es un login de usuario, al introducir el usuario y la contraseña y al hacer submit, las variables se van a host/verifica.php quien hace la consulta a la base de datos y inicia el session_star y me redirecciona a la pagina de host/inicio.php

Entonces con el codigo que me diste llega a host/verifica que inpeccionando el elemento lo redirecciona correctamente a host/verifica.php, pero llegan solo las equitetas html y body vacias sin nada de codigo dentro, no se que estare haciendo mal   

por otra parte tengo apache 2.2 y el codigo es ignorado en .htaccess, por lo que lo agrego dentro del directorio de sites-enables, en el archivo de mi sitio, aca el codigo

<VirtualHost *:80>
        ServerAdmin webmaster@localhost
        DocumentRoot /var/www/html
        <Directory />                     ### aqui he puesto el codigo es la unica parte que no es ignorado
                Options +FollowSymLinks
                RewriteEngine On
                RewriteBase /
                # Si el archivo no es un directorio
                RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} !-d
                # "Redirigir" normal cualquier numero,letra y barra (-)
                # y no hacer nada mas.
                RewriteRule ^([A-Za-z0-9-\/]+)/?$ $1.php [L]
                # Si la consulta tiene extension .php
                RewriteCond %{THE_REQUEST} ^[A-Z]{3,9}\ /([^.]+)\.php\ HTTP
                # Y no es un directorio
                RewriteCond %{REQUEST_URI} !-d
                # Rediregimos a la misma consulta sin el .php
                RewriteRule ^(.+)\.php$ $1 [L,R=302]
                #Options FollowSymLinks
                AllowOverride All
        </Directory>
        <Directory /var/www/html>
                Options Indexes FollowSymLinks MultiViews
                AllowOverride All
                Order allow,deny
                allow from all
        </Directory>
 
        ScriptAlias /cgi-bin/ /usr/lib/cgi-bin/
        <Directory "/usr/lib/cgi-bin">
                AllowOverride All
                Options -ExecCGI -MultiViews +SymLinksIfOwnerMatch
                Order allow,deny
                Allow from all
        </Directory>
 
        ErrorLog ${APACHE_LOG_DIR}/error.log
 
        # Possible values include: debug, info, notice, warn, error, crit,
        # alert, emerg.
        LogLevel warn
 
        CustomLog ${APACHE_LOG_DIR}/access.log combined
 
    Alias /doc/ "/usr/share/doc/"
    <Directory "/usr/share/doc/">
        Options Indexes MultiViews FollowSymLinks
        AllowOverride All
        Order deny,allow
        Deny from all
        Allow from 127.0.0.0/255.0.0.0 ::1/128
    </Directory>
 
</VirtualHost>
 

Como puedes ver ese es mi problema no se que tengo mal, en el info.php, tengo cargado el modulo mod_rewrite, la codificacion esta en utf-8, tanto en apache mysql y php.

Haber si me hechas una mano ya estoy re achacado llevo 2 días tratando de encontrar la solucion y ahora que la encuentro, me falla lo que te comento,,,,

Saludos

Hola drvy, sabes que me ha funcionado el codigo pero tengo el problema para que entre a los demas directorios, me podrias hechar una mano, no lo he podido solucionar, alomejor me falta alguna expresion regular no lo sé,,,

poliformado: si lo solucionaste podrías ayudar como lo solucionaste para la navegacion de los demas directorios???

Saludos