¿Tienes un programa 'Burbuja' (el .exe o a.out) o un método Burbuja() ?
Si es el primer caso échale un vistazo a execv y en el segundo caso simplemente llama al método.

En android se instalan aplicaciones .apk no .jar (a menos que exista una aplicación para eso).

Su uso es tan válido como cualquier otra sentencia.

Pues añadir un atributo 'seleccionado' a la clase que represente a tu pieza. Puede ser de tipo booleano por ejemplo.

S2