Buenas!

Yo lo que haría sería hacerme con una placa controladora Arduino UNO (www.arduino.cc).
Con esta placa puedes conectar un sensor de presencia (PIR - http://www.cooking-hacks.com/index.php/shop/sensors/digital-infrared-motion-sensor-pir.html).

La placa de arduino se programa en una especie de C, por lo que es bastante sencillo. Entonces haces que cuando el sensor PIR detecte algo, la placa envíe por el puerto serie/USB un '1'. Entonces si tienes un programa en Windows escuchando el puerto USB, lo configuras para que cuando reciba un '1' se abra el programa en cuestión que tu dices.

Y a grandes rasgos, es eso. Si no estás familiarizado con ese tipos de placas controladora, mira la web que te he dejado arriba, es bastante sencillo de usar.