//i, j son las variables iteradoras
//pic es el Bitmap con la imagen cargada
Color c = pic.GetPixel(i,j);

Color newC = Color.FromArgb(50, c); //50 es el Alpha

pic.SetPixel(newC, i, j);

pictureBox.Image = pic;

Form4 frm = new Form4();
frm.ShowDialog(this);

MessageBox.Show("Tu mensaje");

public static void main(String[] args) {
  //Creas el lector y le pasas la ruta al archivo que contiene la matriz que vas a leer
  LectorDeArchivos r = new LectorDeArchivos("rutaAlArchivoConLaMatriz.txt"); 
 
  //Creas una instancia de la clase matriz pasandole el archivo
  //r.Archivo es el File que leimos
  Matriz m = new Matriz(rArchivo);
 
  //Llamamos al metodo estático GirarMatriz de la clase estática ManipulacionMatriz
  //Nota: De esta forma trabajamos sobre la matriz leída y la modificamos
  ManipulacionMatriz.GirarIzquierda(m);
 
  //Escritor de archivos puede ser una clase estatica con un metodo Escribe(string ruta, Matriz m)
  EscritorDeArchivos.Escribe("rutaDelNuevoArchivo.txt", m);
}