ok pues,, vamos por pasos, el eclipse es un IDE hecho en java y para java, un editor pues pa programar en java, es gratuito y opensource:
www.eclipse.org ciertamente estas en lo correcto, cuando me refiero a Miclase es la clase del programa principal, pero recuerda algo,,, los ejemplos que te puse estan correctos son como yo probe el codigo, recuerda que para correr un programa en java desde una consola o linea de comandos, solo debes teclear: java Miclase , "" sin extensión "" de lo contrario el interprete no lo identificaria y no ejecutaria la aplicacion, es por esto que puse
java -cp C:\lookandfeel.jar: MiClase
SIN EXTENSION recuerdalo, y por ultimo respondiendo a tu ultima pregunta no te preocupes de tener que agregar todas tus clases, simplemente llama a la clase principal y esta se ocupara de las demas, en el ejemplo sobre el cual lo probe, mi clase principal(la que contenia el main) extendia de otra clase que consistia en una interfaz y ademas utilizaba clases externas para manejar basess de datos, cuando corri el programa solo me asegure que todas estuvieran compiladas y que para cada una existiera su .class, y despues simplemente ejecute mi aplicacion llamando a mi clase maestra la que tenia el main: BasePrueba.class
java -cp C:\lookandfeel.jar: BasePrueba
saludos espero te ayude...