Gracias nakp es justo lo que nesecito, averigue un poco mas y encontre como hacerlo en base a lo que me dijiste
adjunto el codigo por si alguien mas tiene el mismo problema
por cierto el .htacces debe estar en la raiz del dominio principal
RewriteEngine on
RewriteCond %{HTTP_HOST} ^midominio.cl$ [OR]
RewriteCond %{HTTP_HOST} ^www.midominio.com.cl$
RewriteRule ^prueba\/?(.*)$ "http\:\/\/www\.ejemplo\.midominio\.com$1" [R=301,L]
Para que los que no sepan lo que estamos diciendo esque cuando se ingrese a
www.midominio.com/ejemplo le enviara un mensaje 301 al browser que le obligara redireccionar a ejemplo.midominio.cl