En una grabación ya generada y que posea ruido, la única forma de eliminar el ruido puede ser o eliminando las frecuencias a las que se encuentra el ruido, por la consigueinte perdida de calidad de audio o enmascarando ese ruido.

La grabacion en ningun momento la vas a poder dejar como si fuera la de un cd q te acabas de comprar.

Lo unico es reducir (no totalemnte los nieveles de ruido) con programas como Adobe Audition, Audacity (freeware por si quieres programas libres), etc.

Yo tengo el Audition y la verdad esq puedes hacer de todo y más.

Espero haberte ayudado aunque solo sea un poquino. 

Un saludo!