ironicamente, whatsapp por lo menos a nivel de mensajes es una de las formas más seguras ya que el cifrado asimetrico no permite que ni si quiera los servidores de whatsapp tengan conocimiento de los mensajes comunicados, a demás al ser una app popular, es ampliamente probada y auditada en busca de problemas
Muchas gracias por responder, pero mi pregunta englobaba no únicamente apps de mensajería sino también sistemas operativos, e iba enfocada sobre todo a comunicaciones de ordenador a ordenador.