Solucionado.

Hola, estoy aprendiendo esto de los resources de los ejecutables con win32.

Para comenzar he programado un programa para agregar un archivo de texto a un .exe, y funciona muy bien con archivos que ya tienen recursos, por ejemplo, la calculadora de windows (calc.exe), pero con ejecutables de consola falla (aunque sin arrojar ningún error) y deja el ejecutable malo. Con el CFF Explorer sucede lo mismo.
Lo mejor de todo, es que sí es posible hacerlo de manera correcta con el ResourceHacker, pero desconociendo cómo lo hace.

¿Alguien conoce alguna solución para esto?