No lei todo el hilo, pero yo haría un archivo BAT.
1- Habri el bloc de notas
2- copia alli adentro:
CLS
(nombre del archivo a ejecutar)
PAUSE
3- Guardalo con cualquier nombre y ".BAT" sin comillas, en el mismo lugar donde se encuentra el ejecutable.
4- ejecuta el BAT y te quedará esperando en pausa al final de ejecutar el programa.