Me funciono esto, el JInternalFrame cuando se abre lo hace dentro de un JdesktopPanel que está en el JFrame y desde un botón o un JMenuBar podés copiar este código:

 try{
            JInternalFrame i = panel.getSelectedFrame();
            if(i==null){
               
            }else{
                i.dispose();
            }
        }catch(Exception e){
           
        }