Citar
<tr id='cel' <?php if($valor['Bandera'] == 1) echo " <script lenguaje=javascript >window.parpadeo='true';</script>";?></tr></a>
1. Las propiedades HTML no se escriben en español.
2. Los valores de las propiedades HTML se declaran entre comillas dobles/simples.
No tiene ningun sentido darle un script como propiedad al TR...
Código
<tr id="cel"> <?php if($valor['Bandera'] == 1) echo "<script type="text/javascript">window.parpadeo();</script>"; ?></tr></a>
Saludos