Tienes la opción de ir leyendo línea a línea:

public void imprimirFichero(String fichero) throws IOException{
                BufferedReader br = new BufferedReader(new FileReader(new File(fichero)));
 
                String linea = "";
 
                while((linea = br.readLine()) != null){
                        System.out.println(linea);
                }
        }
 

De esa forma lees una línea y puedes tratarla como quieras, sin necesidad de declarar un buffer.

De nada

Lo primero que debes hacer es aprender que es todo lo relacionado con programación orientada a objetos. No es muy difícil, pero hay que tomárselo con calma.

Breve expliación de las excepciones:

¿Qué es una excepción? Es un objeto que normalmente (no siempre) se lanza automáticamente cuando hay un error y que puede ser encapsulado para controlarlo.

El bloque de control para tratar una excepción es este:

try{
       //sentencias java
}catch (Exception e){
       //sentencias java
}

Ese es el más típico. Captura una excepción de tipo "Exception" PERO! Todas descienden de ese tipo (repito importante aprender las bases de orientación a objetos), así que ahí estarían capturadas todas.

Además como ves en el catch se pueden poner las mismas sentencias que fuera, incluso otro try si quieres!!

Tal vez sea necesario diferenciar entre un error de números por ejemplo del resto de errores:

try{
     //sentencias
}catch(NumberFormatException nfex){
    System.out.println(nfex.toString());
    //sentencias
}catch (Exception e){
    //sentencias
}
 

Como puedes ver se puede clasificar el tipo de error que suelta y actuar según el caso. Se podría decir que es parecido aún switch (salvando las diferencias!).

¿Qué es nfex y la e? Es el nombre que se da al objeto creado. Al saltar la exceción se crea un objeto del tipo que fuese y ahí que darle un nombre. Así si salta uno del tipo NumberFormatException ese objeto se llamará nfex y podré usarlo como ves arriba. Con la "e" lo mismo, es el nombre para el resto de errores posible.

Además esa estructura tiene otro posible uso:

try{
     //code
}catch(Exception e){
     //code
}finally{
    //code
}
 

Puedes ver que he añadido "finally". Ese bloque se ejecutará SIEMPRE, tanto si se lanzó la excepción como si no, es importante recordarlo. ¿Para qué es útil? Por ejemplo para cuando se está tratando ficheros y surge una excepción que va a hacer abortar el fichero. Bien pues ahí dentro puedes cerrar el fichero o lo que creas que sea necesario.

Recuerda que si pones el bloque finally (solo se puede poner un bloque finally) siempre se ejecutará, tanto si salta excepción como si no.

PD: algo totalmente imprescindible es acostumbrarse a usar la API de java, la documentación. Acá la tienes para la versión 1.6, no se cual tendrás instalada:

http://java.sun.com/javase/6/docs/api/

Nota rápida: Todo lo que funciona por defecto en java está includio en el paquete java.lang, tal vez sea útil echarle un vistazo y ver que hay dentro. Por ejemplo está la clase String, si no estuviese tendrías que estar importandolo siempre.

Puedes probar con esto

if ( palabra.length() == 0) {
	System.out.println("Debiste poner algo");
} else {
	Verdura.naranja(palabra);
}
 

Como han comentado arriba en java los strings deben compararse con equals. Los caracteres especiales llevan la barra invertida delante.

\n salto de linea
\t tabulado

así unos cuantos, esos son los más útiles que recuerdo xD

Por otra parte nunca va a ejecutar esto:

public static int naranja(int numeral) {                                                                                                                     
 
        System.out.println("Respuesta es " + numeral+(numero*numero1));
 
return 0;
}
 

¿Por qué? Porque no has hecho una conversión a número antes. Cuando llamas a naranja(palabra) siempre va a llamar al otro método porque palabra es un objeto de tipo string, tenga el valor que tenga.

Para sacar el valor entero de un string puedes usar esto:

int num = Integer.parseInt(palabra);
 

En caso de que palabra no sea un número entonces lanza una excepción, esto puede ser útil. Yo cambiaría tu código así:

import java.util.*;                                                                                                                                          
import java.io.*;                                                                                                                                            
 
public class Sol {                                                                                                                                           
 
        public static String palabra;                                                                                                                        
 
        public static void main(String[] args) throws IOException {                                                                                          
 
                BufferedReader a = new BufferedReader(new InputStreamReader(System.in));                                                                     
 
                int numeral = 15;                                                                                                                            
 
                Verdura.naranja(numeral);                                                                                                                    
 
                System.out.println("Inserta palabra");                                                                                                       
                palabra = a.readLine();                                                                                                                      
                int num = 0;                                                                                                                                 
 
                if ( palabra.length() == 0 ) {                                                                                                               
                        System.out.println("Debiste poner algo");                                                                                            
                } else {                                                                                                                                     
                       try{                                                                                                                                  
                               num = Integer.parseInt(palabra);                                                                                              
                               Verdura.naranja(num);                                                                                                         
                       }catch (Exception nfex){                                                                                                              
                               //si salta excepcion es porque no era un numero y se ejecuta el otro metodo                                                   
                               Verdura.naranja(palabra);                                                                                                     
                       }                                                                                                                                     
                }                                                                                                                                            
        }                                                                                                                                                    
}                                                                                                                                                            
 
class Verdura {                                                                                                                                              
 
        private static int numero = 10;                                                                                                                      
        private static int numero1 = 20;                                                                                                                     
 
        public static int naranja(int numeral) {
                System.out.println("Respuesta es " + numeral+(numero*numero1));
                return 0;
        }
 
        public static void naranja(String catarata) {
 
                try {
 
                        PrintWriter b = new PrintWriter(new FileWriter("archivo.txt"));
 
                        b.println(numero);
                        b.println(numero1);
                        b.close();
                        System.out.println("Se has escrito correctamente");
                } catch (IOException e) {
                        System.out.println("No se puede crear el archivo");
                }
        }
}
 

¿Es obligatorio que sea un array?

En java existe la clase java.util.Vector, que te ayuda a manejarte con arrayas, pero de tamaño variable por así decirlo.

Tienes dos posibilidades, o un vector si quieres que el tamaño vaya cambiando según metes nuevos productos o un tamaño fijo, por lo que solo puedes comprar (o lo que sea) una cantidad máxima fija.

Acá mi escritorio. Slackware 12.1 con kde4.1.3

que cosa más rara! y tengo que añadir fea, si fuese tu profesor te suspendía. deberías aprender a tabular correctamente.

Por otra parte... el problema está aquí:

//Buscar valor maximo                                                                                                                        
                for(i=0;i<N;i++){                                                                                                                
                    Max=0;                                                                                                                                   
                    aux=0;                                                                                                                                   
                    for(h=0;h<PWN.length;h++){                        //<-- AQUI!!
                            if(PWM[h][i]>Max){                                                                                                               
                                    Max=PWM[h][i];                                                                                                           
                                    aux=h;                                                                                                                   
                            }                                                                                                                                
                    }                                                                                                                                        
                    //Mostrar valor maximo                                                                                                                   
                    if (num==0){
                            System.out.print("El prototipus resultant es: ");
                            num++;
                    }
                    switch(aux){
                            case 0:
                                    System.out.print("A ");
                                    break;
                            case 1:
                                    System.out.print("C ");
                                    break;
 
                            case 2:
                                    System.out.print("G ");
                                    break;
                            case 3:
                                    System.out.print("T ");
                                    break;
                        }
                }
 

Habías puesto un valor incorrecto que se salía de rango. Parece que es algo relacoinado con el adn, un típico problema de programación? a mí no me suena xD