Mira puedes usar Stread Editor SED.EXE, en su funcion de reemplazar cadenas de texto.
Mira:
Código:
@ECHO OFF
@SED.EXE "/scanWhenDone/ s/true/False/Ig" c:\prefs.js > resultado.txt
GOTO:EOF
Te explico que es lo que hace.
Va a reemplazar todas las palabras true, por false, solo si la linea contiene scanWhenDone, como correspondencia.
Lo demás ya lo deja en ti.
Salu2!