No he tenido más problemas, así que les agradezco a todos:

amchacon             
daryo                   
leosansan           

he probado el programa con impresión de cada milésima durante una hora, el retraso fue de 6 segundos 0.16 % de error con la carga del sistema en uso normal. Muy aceptable para lo que tenia pensado hacer.

EL PROGRAMA HA FUNCIONADO PERFECTAMENTE LO QUE PASA ES QUE A VECES DEJE DE FUNCIONAR, Y NO IMPORTA QUE HAGA SE MANTIENE CONTANDO LENTO EL TIEMPO.
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El valor de los 12 segundos fue aproximado (9 - 12 segundos)
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Algo así me pasa
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Tenía entendido que el Sleep podía retrasar el tiempo con una precisión mayor que diezmilésimas de segundo.

" Sleep(0.01); "

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Gracias por el momento, creo que usaré eso, pero me niego a dejar así ese problema, seguramente es algo muy muy raro y eso me intriga seguiré realizando pruebas usando sus aportes como soporte y buscaré el problema
 
    

MUCHAS GRACIAS POR RESPONDER, LAMENTO NO HABER RESPONDIDO ANTES.

Me he visto en la obligación de desconectarme este día 

revisaré cuidadosamente todo y avisaré cuando ya no tenga problemas. LA PC NO PUEDE SER LA CAUSA:

FX 6200 3.8 GHZ
4 GB corsair vegance blue
mother GIGABYT GA-970A-UD3

No es la gran cosa pero peor es nada xD

Uso AMD POR QUE NO ME ALCANZABA PARA EL INTEL 

PERO AUN CON LA MÍNIMA CARGA QUE PUDE PONERLE, el programa a veces funcionaba y a veces no, hablo de que ahora en la mañana lo probé nada, acabo de probarlo funcionó, lo probé antes de subirlo a internet funcionó, lo descargué y nada, y estoy hablando del ejecutable, bueno pero me han dado pistas o quizás la repuesta.

HEY NECESITO UNA AYUDA CON ESTO ( C++ ):

Es muy simple, imprime las milésimas de segundo hasta que llega a la cantidad de milésimas que escribimos de primero.

#include<windows.h>
#include<iostream>
#include<cstdlib>
#include<time.h>

using namespace std;

int main()
{
int t=0;
int fin=0;
cin>>fin;
while(fin>t)

{
cout<<t<<endl;
Sleep(1);
t++;
}

system("pause");

return 0;
}

Investigué durante días por mi mismo pero nada así que ahora acudo a los profesionales XD.

El problema es que el Sleep no me esta marcando el tiempo de forma exacta, se tarda como 12 segundos en llegar a 1000, no lo he probado en otra pc, PERO ALGO MÁS RARO ES QUE LO HE INTENTADO REESCRIBIR Y A VECES MARCA EL TIEMPO TAN EXACTO QUE LO COMPARO CON EL DE LA PC Y VA PERFECTO, LUEGO EN ALGÚN MOMENTO YA NO LO MARCA BIEN, CUANDO LO ABRO NUEVAMENTE, O AL SIGUIENTE DÍA, QUE LO QUIERO PROBAR. Creo que he intentado de todo pero si no funciona algo me hace falta.

Apenas comienzo a programar así que disculpen si hay algún error de novato.