Perdon por postearlo varias veces, pero no sabia el funcionamiento.
Respecto al programa, su funcionamiento seria, un usuario que al conectar sincroniza su carpeta con la del servidor, hasta ahi todo claro. Despues este usuario puede conectarse desde otro pc donde se le sincronizara la carpeta con los archivos del servidor. El lio viene que si borro un archivo de la carpeta sin estar sincronizados , al abrir el programa este archivo se borrara del servidor, al igual que despues si conecto con el usuario a otro pc i tenia este archivo en este caso se borrara del pc. Es un poco complejo