Hola,
A ver te digo como lo hago yo. En la vista tengo un boton. Al presionar ese botón mando por ajax una instruccion para que el controlador la recoja y a su vez haga la consulta y me devuelva los datos.
Una vez me ha devuelto los datos (seguimos en el controlador) formamos otra vista y la guardaremos en una variable
Ejemplo
$consulta = $this->consulta->pruebas(1); //me devuelve 5 filas
$html = $this->load->view('pruebas/tabla',$consulta,true); // el parametro TRUE es importante, es para que no se muestre y se guarde en la varaible.
echo $html;
En el $this->load... pondriamos una tabla con su css, etc... bien mostrada. Con el echo $html, devolveriamos esa tabla bien mostrada a la vista principal. Se deolveria a la funcion javascript o Jquery con la cual has mandado la instruccion al principio y como ya la tenemos estructurada la tabla, solo tendremos que pegarla en la capa que queramos.
Espero haberte aclarado.
Un saludo.
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