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Quiero hacer esto

struct Alumno{
	std::string nombre;
	std::string cedula;
	float indice;
	int nivel;
	int creditos;
	std::vector<std::vector<std::string>> materias;
};
 
// Aqui guardo los datos en el vector
 
                        while(stream){
			    materia = {_materia, ""};
			    nodo->alumno.materias.push_back(materia);
			    getline(stream, _materia, ','); 
			}
 
 
                for(auto it : puntero->alumno.materias){
			if(it[0] == _materia && i < _cupos){
				it[1] = "INSCRITO";
				std::cout << "INSCRITO" << std::endl;
			}else if(it[0] == _materia && i >= _cupos){
				it[1] = "SIN CUPO";
			}
		}

pero ya intente de varias fomas y no reemplaza la cadena, no se si es por el it

Falta información. ¿Eso compila siquiera, o te da algún error? ¿Qué tipo de dato es materias? Preferentemente deberías poner la declaración de toda la estructura Alumno.

Ya de entrada, con ese código no vas a poder modificar ninguna cadena, ya que ese iterador trabaja sobre copias. Necesitarías que fuera una referencia. De cualquier manera, si materias es un vector de cadenas, entonces it[ n ] sólo se refiere al caracter "n" de cada cadena en cuestión, por lo que no es válido asignarle una cadena ni compararlo con una. Pon la información que te digo y ya podríamos ver exactamente cuál es el error.

Ya esta solucionado, gracias

 
               for(auto& it : puntero->alumno.materias){
			if(it[0] == _materia && i < _cupos){
				it[1] = "INSCRITO";
				std::cout << "INSCRITO" << std::endl;
			}else if(it[0] == _materia && i >= _cupos){
				it[1] = "SIN CUPO";
			}
		}