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Quiero instalar esa librería en mi sitio estoy incluyéndola desde esta ruta:
/var/www/html/app/sis/mods/cnd
de esta forma:

set_include_path(get_include_path() . PATH_SEPARATOR . 'phpseclib');
  include('/var/www/html/lib/SSH/Net/SSH2.php');
 

y como ven la librería esta aquí:
/var/www/html/lib/SSH/
pero me dice que no encuentra el archivo Math/BigInteger.php este se encuentra dentro de SSH donde metí toda la librería y sería muy tedioso cambiar todas las rutas de la librería para que no tuviera problema según mi lógica pero no se si estoy haciendo algo mal, antes instale ya varias librerías ami sitio de esa forma y no tuve problemas ejem phpexcel.

Listo lo solucione con esto cambie el nombre de la carpeta

set_include_path(get_include_path() . PATH_SEPARATOR . '/var/www/html/lib/phpseclib');
  include('/var/www/html/lib/phpseclib/Net/SSH2.php');