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mi funcion es la siguiente, tengo un array bidemensional de A[$CantidadGrupo]X[$cantidadvarones] con valores predefinidos, el problema es cuanto trato de modificar el valor de una posicion se queda ejecutando y no termina de ejecutar... ayudaaaa!! y gracias

function llenarValores($cantidadvarones,$cantidadmujeres,$listaTotal,$CantidadGrupo){
   $valor=count($cantidadvarones);
   $filas=count($listaTotal);
   
   for($i=0;$i<$valor;$i++){
      $valorM=$cantidadmujeres[$i];
      $valorV=$cantidadvarones[$i];
      
      $menor=menorNumero($valorM,$valorV);
      $cantiGroup=0;
      while($menor!=0){
                       
            if(sumarfila($listaTotal,$cantiGroup)=="valido"){
               $listaTotal[$cantiGroup][$i]=$listaTotal[$cantiGroup][$i]+2;
               /*$cantidadmujeres[$i]=$cantidadmujeres[$i]-1;
               $cantidadvarones[$i]=$cantidadvarones[$i]-1;*/
               //echo "(".$cantiGroup.", ".$i.")-";
               
               echo $listaTotal[$cantiGroup][$i];
               //echo $cantiGroup;
         

               $menor=$menor-1;

            }

            $cantiGroup++;

               if($cantiGroup==$CantidadGrupo){
                  $cantiGroup=0;
               }
   
      }
      echo"<br>";
      

   }
   return $listaTotal;

}

Qué te da menorNumero()? Recuerda que si devuelve cero no entrará en el while().

Podrías compartir más código? Quiero ejecutar tu script para saber exactamente qué quieres realizar, o qué valores contiene el array y de esa forma saber por qué falla, porque solamente mirando el código que has escrito me cuesta entender lo que hace la función, por ejemplo me gustaría conocer el funcionamiento interno de la función menorNumero()

Lo mejor para estos casos es utilizar un debugger (Xdebug por ejemplo).

Si lo usas en combinación con algún IDE (NetBeans, PHPStorm, etc...) lo resolverás rápidamente.

Te dejo un video (https://www.youtube.com/watch?v=qvp2RQEfiDI&t=5s) que puede ayudarte.

Saludos