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Hola mi dudas son las siguientes, como veran al crear un proyecto de NetBeans se crea un arbol de directorios del proyecto, no entiendo bien eso, bueno ¿Hay un estandar de arbol de directorios? ¿Hay forma de crear mi proyecto con un arbol de directorios ya configurado?  :silbar:

Depende del tipo de proyecto. Por lo general evito netbeans.

Cada proyecto debe contar con su propia estructura de directorios (arbol), por ejemplo Spring Boot cuenta co un arbol básico al igual que un proyecto en blanco de JavaEE o cualquier otro tipo de proyecto y sobre este arbol comienzas a crear tus propios directorios o packages, por ejemplo: Directorio para controladores, capa de servicio, helpers, modelos, modelos de vista, beans, etc. Cada persona tiene su propia manera de ordenar estos directorios, es cosa de gusto y orden.

Por otro lado, cuando creas un proyecto en Netbeans tienes el típico src/[main/test]/[java/resources], el resto de los archivos y directorios son archivos de configuración de proyecto de netbeans que por lo general son omitidos y eliminados desde un .gitignore cuando se usa git para la gestión del control de versiones.

Saludos.