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Hola he estado investigando para hacer un subproceso en windows y no he conseguido encontrar nada ni con Call ni con Popen del module subprocess de python me funciona se habré en la propia consola del programa.

No entiendo nada del planteo, ¿podes ser más claro de lo que querés hacer?

Por ejemplo quiero ejecutar un programa en segundo plano como la cmd o cosas asi

algo así:

import subprocess
p = subprocess.Popen(['notepad'],
          stdout = subprocess.PIPE,
          stdin = subprocess.PIPE)

Gracias!