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Buen dia.
El programa que intento hacer es la lectura de un archivo txt. el programa le pregunta que sub palabra desa buscar dentro del archivo. busca las coincidencias y cambia la palabra o sub palabra buscada por mayuscula.
El programa lee el txt, encuentra las coincidencias pero al escribir el archivo para cambiar a mayuscula las coincidencias encontradas me sale error. Espero me ayuden. Dejo el codeigo para que miren.  Que otro codigo proponen?
GRACIAS

public class metodos extends main {
	public static String patron="";
	static Scanner leer = new Scanner(System.in);
	public static void leerTxt() throws IOException {
		BufferedReader bufferedReader = new BufferedReader(new FileReader("src\\cadena.txt"));             
        String texto = "";	
 
		System.out.println("¿ Que cadena desea buscar ?");
		patron = leer.next();
		try {
			while(( texto=bufferedReader.readLine())!=null){
				System.out.println(texto);
				System.out.println("buscando....");
				Pattern regex = Pattern.compile(patron);
				Matcher match = regex.matcher(texto);
				int count=0;        
				while(match.find()){
					count ++;												//Recorremos el archivo linea a linea e imprimimos
					System.out.println("Encontrado "+match.group() );		// las coincidencias.
				}
				System.out.println("se encontraron "+count+" coincidencias");
			}
		} catch (FileNotFoundException e) {e.printStackTrace();	
		}
 
		File f =new File("src\\cadenadena.txt");
		FileWriter fw=new FileWriter(f);
		BufferedWriter bw=new BufferedWriter(fw);
		bw.write(texto.replaceAll(patron, patron.toUpperCase()));
	}
}

   texto : guarda las lineas del archivo y las imprime.
        patron : es la palabra o subpalabra que va a buscar.
La salida que arroja el programa es el siguiente:

Leyendo Texto...
¿ Que cadena desea buscar ?
i
..........Lectura del archivo.............
Encontrado i
Encontrado i
   .
   .
   .
se encontraron 28 coincidencias
Exception in thread "main" java.lang.NullPointerException
   at leertxt.metodos.leerTxt(metodos.java:36)
   at leertxt.main.main(main.java:10)
la linea 36 de esta clase es :
bw.write(texto.replaceAll(patron, patron.toUpperCase()));
la linea 10 del main.java es :
metodos.leerTxt();

Es un poco tarde, pero bueno:
Utilizas: texto.replaceAll
Y arriba tienes:

while(( texto=bufferedReader.readLine())!=null)

Por tanto, texto va a ser null cuando salga del bucle.