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Hola, si actualizo con apt-get con el root, se me aplica a todos los usuarios existentes o solo a root?
es decir, quiero actualizar mi usuario sin administrador que es el que me gustaría usar por seguridad, para muchas actualizaciones me da error, me dice que no tengo permisos, por lo que al final acabo usando root, que también me da error en algunas cosas por tener demasiados permisos y ser peligroso. Que hago? XD

Solo root o un usuario con privilegios puede actualizar o instalar paquetes con apt, las actualizaciones que hagas con apt se aplican a todo el sistema, de ahí que necesites permisos.

De acuerdo, y cuando hago un git clone, lo tengo que hacer desde root y también se aplica a todo el sistema no?
Soy relativamente nuevo en Linux y autodidacta entonces, ya sabéis cuando empiezas estas más perdido....
Muchas gracias !

Lo que haces con clone es clonar un repositorio, no "aplicas" nada. Te recomiendo utilizar las man pages, son útiles para saber que hace cada cosa y sus opciones.

yo lo que quiero es actualizar el sqlmap.
ellos recomiendan hacerlo con git clone, pero cuando lo hago con git clone me cargo el acceso directo tan bonito que tengo en favoritos y eso me hace entrar en depresión porque me recuerda lo noob que soy.