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Hola, acabo de terminar de programar la lógica de las coaliciones de mi juego y justo
ahora estoy en la parte de los niveles, quería preguntarles si hay un algoritmo que me
ordene los datos de una forma aleatoria para que no tenga el mismo aspecto en todos los
niveles

(https://www.4shared.com/img/daVFK7u9ba/s25/159e0743408/arkanoid) (https://www.4shared.com/photo/daVFK7u9ba/arkanoid.html)

Librería <math.h>, función rand(). Te devolverá un entero aleatorio.
Con ello, puedes ir por cada casilla haciendo un:

if(rand()%2 == 0) // 50% probabilidades
    // Bloque
else
    // Vacía

Para utilizar rand, y que de numeros aleatorios siempre, establecele una semilla con "srand(semilla)".
De semilla se suele utilizar el tiempo, con <time.h>:

srand(time(0));

Llamas a srand 1 vez solo, al principio del programa.