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Pues al lio, he hecho un programita que le das dos url, una origen y otra de destino, y te copia todos los contenidos del origen en el destino, pero no se por que no me sale, se mete por primera vez en una subcarpeta del origen, la crea en el destino, pero las otras subsubcarpetas del origen no las copia al destino, no llevo bien el debug en eclipse :(

Llevo dos dias dedicandole varias horas y estoy frustrado XD

public class Main {
 
	public static void main(String[] args) throws IOException {
 
		copiaRecursiva(dir1,dir2); //Introduce en dir1 la direccion origen y dir2 el destino
 
	}
 
	public static void copiaRecursiva(String dirUno, String dirDos){
		File carpeta1 = new File(dirUno); 							//convertir string dirUno a File para manipularlo
		File auxFile = null;			  							//File auxiliar 
		File auxDir = null;				  							//File auxiliar para una url
		String[] array = carpeta1.list(); 							//array de los archivos y directorios listados en la carpeta de origen
		try{
			for (String string : array) {	  						//recorrer los ficheros de la carpeta de origen
				auxFile = new File(dirUno+string);	  				//convertir el string del nombre a file para comprobaciones
				if(auxFile.isDirectory()){ 	  						//comprobar si el fichero es un directorio
					auxDir = new File(dirDos+string);  				//si lo es, creamos una variable File auxiliar
					auxDir.mkdirs();
 
					copiaRecursiva(auxFile.getAbsolutePath(),auxDir.getAbsolutePath());
				}else{
					FileWriter copia = new FileWriter(dirDos+string);
 
					copiarFichero(auxFile,new File(dirDos+string));
				}
			}
		}catch(Exception ex){
			System.out.println("Error: "+ex.getMessage());
		}
 
	}
 
 
	public static void copiarFichero(File f1, File f2){
		try{
			OutputStream os = new FileOutputStream(f2);
			InputStream is = new FileInputStream(f1);
			byte[] info = new byte[100];
			int leido = is.read(info);
 
			while(leido>0){
				os.write(info);
				leido = is.read(info);
			}
		}catch(Exception ex){
				System.out.println("Error: "+ex.getMessage());
		}
	}
}
 

uxFile = new File(dirUno+string);

La forma en la que concatenas no es la correcta, falta "\\" alli

Ya lo he corregido, es el siguiente codigo: no hay que meterle la dir1 y dir2 con el "/" final

import java.io.File;
import java.io.FileInputStream;
import java.io.FileOutputStream;
import java.io.FileWriter;
import java.io.IOException;
import java.io.InputStream;
import java.io.OutputStream;
 
public class Main {
 
	public static void main(String[] args) throws IOException {
 
		copiaRecursiva(dir1,dir2);
 
	}
 
	public static void copiaRecursiva(String dirUno, String dirDos){
		File carpeta1 = new File(dirUno); 							//convertir string dirUno a File para manipularlo
		File auxFile = null;			  							//File auxiliar 
		File auxDir = null;				  							//File auxiliar para una url
		String[] array = carpeta1.list(); 							//array de los archivos y directorios listados en la carpeta de origen
		try{
			for (String string : array) {	  						//recorrer los ficheros de la carpeta de origen
				auxFile = new File(dirUno+"/"+string);	  				//convertir el string del nombre a file para comprobaciones
				if(auxFile.isDirectory()){ 	  						//comprobar si el fichero es un directorio
					auxDir = new File(dirDos+"/"+string);  				//si lo es, creamos una variable File auxiliar
					auxDir.mkdirs();
 
					copiaRecursiva(auxFile.getAbsolutePath(),auxDir.getAbsolutePath());
				}else{
					System.out.println(dirDos+"/"+string);
					System.out.println(dirUno+"/"+string);
					FileWriter copia = new FileWriter(dirDos+"/"+string);
 
					copiarFichero(auxFile,new File(dirDos+"/"+string));
				}
			}
		}catch(Exception ex){
			System.out.println("Error: "+ex.getMessage());
		}
 
	}
 
 
	public static void copiarFichero(File f1, File f2){
		try{
			OutputStream os = new FileOutputStream(f2);
			InputStream is = new FileInputStream(f1);
			byte[] info = new byte[100];
			int leido = is.read(info);
 
			while(leido>0){
				os.write(info);
				leido = is.read(info);
			}
			os.flush();
			os.close();
		}catch(Exception ex){
				System.out.println("Error: "+ex.getMessage());
		}
	}
}