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function codi() {
var deco = ["a","b","c","d","e","f","g","h","i","j","k","l","m","n","o","p","q","r","s","t","u","v","w","x","y","z"," "];
 
var codi = ["{","}","[","]","/","*","+","-","º","<",">","k","_","?","¿","!","¡","|","ñ","e","c","y","n","z","p","w","-"];
 
var texto = document.getElementById("texto").value;
var texto2 = texto.split("");
alert(texto2[0]);
for(var i = 0; i<texto2.length;i++) {
	for(var z = 0; z<deco.length;z++) {
		if(texto2[i]==deco[z]) {
			texto.replace(texto2[i],codi[z]);
 
		}
	} 
}
 
alert(texto);
}
 

Por que en teoria con "" en el split te deve de devolver la cadena completa en el arrglo[0] pero despues estas tratando de remeplazar en el texto2[i] 

En teoria el unico valor valida de texto2 es [0]

if(texto2[0][i]==deco[z]) {