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Que tal amigo, alguien sabe como crear este certificado en una aplicacion .NET que me gustaria que a cada usuario de una empresa poderle generarle en un formulario que ellos llenan su certificado...

Saludos :0

Lee la documentación de la Class 'System.Security.Cryptography.X509Certificates.X509Certificate' en la MSDN, seguramente encuentres algo útil:
X509Certificate Methods (https://msdn.microsoft.com/en-us/library/system.security.cryptography.x509certificates.x509certificate_methods%28v=vs.100%29.aspx)

De todas formas, puedes generar ese tipo de certificado utilizando la aplicación MakeCert de Microsoft, que se encuentre en el SDK de Windows:
Makecert.exe (Certificate Creation Tool) (https://msdn.microsoft.com/en-us/library/vstudio/bfsktky3%28v=vs.100%29.aspx)

Saludos.

Y talves huviera la forma de utilizar el sdk para generar el certificado y la clave privada ya que quiero registrar a los clientes y automaticamente asignarles su cer y clave privada