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Hola,

HE mirado en muchos sitios pero no consigo ver dónde debería poner el código para que en php (cuando me "vuelca" datos que he leido con mysql) me ponga las ñ, o las à o estos carateres como la ç de la forma adecuada.

¿Alguien sabe si es una parametrización de phpmyadmin o bien si debiera poner alguna sentencia en cada página php que cree?

debes asegurarte de configurar el php, los meta de html, el mysql y todo en utf-8

Depende del charset con el que estas trabajando. Asumiendo que estes usando UTF-8 para representar tu informacion en HTML, necesitas hacer que la tabla de MySQL tambien sea utf8 y no latin1.