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Estoy viendo que flash esta dejando de ser usado, pero si quiero hacer animaciones fuertes, antes de iniciar mi web que debo usar o como para no tener problemas con navegadores a veces piden permisos y eso no deja que la animacion suja, por otro medio que lenguaje para animar algunas partes me recomiendan, javascrip o jquery por favor espero sus respuestas.

No son mutuamente excluyente, jQuery es una libreria de javascript y bueno javascript es javascript. Puedes animar tambien con CSS y SVG.

no es recomendado meter animaciones dominantes en la pagina, por cosas de diseño... se ven muy bonitas, pero cuando se quiere usar la pagina se vuelven un poco molestas y hacen perder visualización a los elementos, si observas las paginas más usadas en el mundo tienen poca o ninguna animación por esas razones... lo más animado que vas a conseguir sin algunos doodles de google

Agregando que al cargala en el celular se vuelven lentas o no cargan por completo y se olvidan del móvil.
Pero si que es cierto que son mu atractivas. Personalmente te recomiendo javascript, es muy efectivo y lo uso para muchas cosas, como monetizar mi sitio.

Y con CSS3?.

Con CSS3 puedes hacer buenas animaciones, y no es complicado hacerlas, aparte que si lo combinarías con JS podrías llegar a un muy buen acabado. Y lo mejor de todo es que no seria "pesado".

Por otro lado si  no lo puedes hacer con CSS3 es muy probable que tu animación sea demasiado tediosa para una pagina web común. O al menos eso creo.  ;-)

Amigos muchas gracias por sus respuestas, proyectare cc3 y javascript que me parece muy interesante para darle acabado bueno ahora que existe el responsive desing. gracias brothers desde Peru!