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Se que puede ser un poco atrevido preguntar esto, pero como puedo hacer algún código para almacenar archivo, con carpeta, o solo archivo, supongo que debería juntar los archivos en uno y al final agregarle el árbol de archivos por ejemplo tengo un archivo de 5 bites que se llama 123.txt + otro de 10 que se llama 231.txt que serian 15 - los 5 del anterior, entonces seria algo como un hacha variable, el problema es que no tengo ni idea de como manipular los archivos en binario, para las carpetas debería crear un void, o algo para cada plataforma. Seria excelente ver aunquesea que cree archivos, pero no se ni por donde empezar, y los archivos muy grandes fallaría el compilador, creo ¿ Tendría que usar XML o que?. Necesitaría algo para listar los archivos, voy a hacer todo los que pueda. Tengo vergüenza de no tener mucho código por ahora.

si lo que quieres hacer es unir todo en una especie de archivo contenedor, lo primero que debes armar es el arbol de directorio... te armas una estructura donde esté el arbol desde la capeta princial sus ramas,etc... y cada archivo con su tamaño...

luego hacer un indice de archivos donde digas de donde a donde va un archivo y cual es su nombre, así hasta el final... y listo :P... para manipular archivos en binario, google te puede enseñar

Puedes empezar creando el modo de guardar los archivos. Algo como:

Yo no usaría XML, ya que XML de momento es texto plano, y si se hace en binario, pues todo en binario no? xD

Luego para el tema del árbol, pues hasta puedes plantearte crear una clase 'árbol', cargarla a partir de un directorio, y luego serializarla y pasarla al archivo. Mil formas.