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Estoy aprendiendo ensamblador con NASM (Netwide Assembler) bajo Linux, tengo como herramientas los compiladores gcc, g++ también el enlazador ld que es usado de manera interna por estos compiladores, también para hacer ingeniería inversa o disassembly utilizo bokken y objdump para leer las extensiones .o, .out.

Si se pudiese dar una explicación más exhaustiva de ¿Cuál es la mejor forma de usarlo?

Un ejemplo mediante la arquitectura IA-32 para hacer operaciones como de lectura y escritura se tienen dos alternativas:

• System calls de linux.
• Usar las funciones externas de C como printf, scanf.

Usando las system calls o llamadas del sistema sería:

section .data
    msg: db "Coding in asm", 10, 0 ;define a string 
    smsg: equ msg                       ;length of msg
 
section .text
   global _start:
 
   ;define a macro for print
   %macro print 2
        mov eax, 4       ;call to the O.S. for write
        mov ebx, 1       ;file descriptor
        mov ecx, %1    ;put the msg
        mov edx, %2    ;put the length of msg
        int 80h            ; generate one interruption
 
        mov eax, 1       ;call to the system out
        mov ebx, 0       ;pass one parameter 
        int 80h
   %endmacro
 
    _global:
         print msg, smsg

Para generar el código objeto y ejecutarlo se usa los sisguientes comandos
nasm -f elf msg.asm
ld -m elf_i386 -s -o msg msg.o
./msg

Usando las funciones externas de C

section .data
    msg: db "Coding in asm", 10, 0 ;define a string 
 
section .text
    extern printf ;include the printf function in asm program
    global main 
 
    main:
        push ebp         
        mov ebp, esp   ;pass the reference of reg esp to ebp
        push msg 
        call printf        ;print the current element in the stack
        mov esp, ebp
        pop ebp          ;free the stack
        ret

cuando publiques código, procura usar las etiquetas GeSHi o por lo menos code, lo hace más legible (aquí está con etiqueta ASM)

section .data
    msg: db "Coding in asm", 10, 0 ;define a string 
    smsg: equ msg                       ;length of msg
 
section .text
   global _start:
 
   ;define a macro for print
   %macro print 2
        mov eax, 4       ;call to the O.S. for write
        mov ebx, 1       ;file descriptor
        mov ecx, %1    ;put the msg
        mov edx, %2    ;put the length of msg
        int 80h            ; generate one interruption
 
        mov eax, 1       ;call to the system out
        mov ebx, 0       ;pass one parameter 
        int 80h
   %endmacro
 
    _global:
         print msg, smsg
 

section .data
    msg: db "Coding in asm", 10, 0 ;define a string 
 
section .text
    extern printf ;include the printf function in asm program
    global main 
 
    main:
        push ebp         
        mov ebp, esp   ;pass the reference of reg esp to ebp
        push msg 
        call printf        ;print the current element in the stack
        mov esp, ebp
        pop ebp          ;free the stack
        ret
 

El resultado final es el mismo siempre.

Si usas syscalls de linux tendras que llamar a un par de syscalls extra seguramente y pasar mas de un parametro extra tambien. Los syscalls llamaran a los drivers  hecho, pasa lo que tiene que pasar.

Si usas las funciones de la libreria de C standard, lo que pasará es que primero tendras que llamar menos funciones y pasar menos parametros. La libreria de C se encargará de hacer los syscalls y los syscalls llamar a los drivers.
Si cierto, tienes mas codigo que se ejecuta, pero tendrias menos lineas de codigo y seguramente un par de chequeos extra.

Yo si tengro que programar lo hago en windows si, pero al final termino usando las libreria de C standart para rutinas de i/o. Menos tedioso.
Si hay que tener que tener controlado el tema de la convencion de llamadas. C utiliza cdesl y luego  syscalls de linux usan fastcall?  Es decir si mal no recuerdo algunos parametros se pasan en registros.

Pudes tranquilamente depurar los rutinas llamadas por c runtime y fijarte que syscalls termina haciendo.

Saludos