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Buenas noches, cuando leo los elementos de un archivo para introducirlos en una collection me da todo el conjunto, és decir,

Idiomas:
[mates, ingles, frances]

y yo necesito hacer el add de las assignaturas por separado, por ejemplo

var = readline();
alumno.addIdioma(var); // add mates

var = readline();
alumno.addIdioma(var); //add ingles

var = readline();
alumno.addIdioma(var); //add frances

como puedo tratar el conjunto por separado? gracias d antemano

Usa el método split(expresión), donde 'expresión' es el patrón que se usará para dividir una cadena en uno o más grupos. Por ejemplo:

String dias = "Lunes,Martes,Miercoles,Jueves,Viernes,Sabado,Domingo";
String diaArray[] = dias.split(",");
 
for(String dia : diaArray){
      System.out.println(dia);
}

El resultado es que lo que hay antes y después del caracter ',' se guardará en un array y se devolverá el array final. Ésto aplicado a tu caso, se haría de la siguiente manera:

String linea = "Mates, Ingles, Frances";
String[] idiomas = linea.split(", ");
 
// ahora idiomas = {Mates,Ingles,Frances}
// haces lo que quieres con cada idioma (Mates?)