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Buenos días a todos, pues traigo este tema ahora:
Tengo un alert en php de la siguiente manera:

echo"<script>alert('Se ha Agregado el Registro correctanemte')</script>"

el detalle es que es algo incomodo estar cerrando el alert a cada momento que se ingrese un registro (ya que lo utilizo como mensaje si el registro se agrego correctamente), mi pregunta es ¿como hago para que aparezca el alert y se cierre automaticamente?

Eso no es PHP, es javascript (<script></script>).

La respuesta es, no se puede. Las medidas de seguridad de los navegadores impiden cualquier acción directa sobre sus elementos (alert - mostrar una ventana de navegador).

La solución pasaría por crear una "imitación" de un alert. Hay muchos en Internet, es cuestión de buscar.

Ejemplo:
http://www.cssportal.com/blog/css-notification-boxes/

Saludos

Pues solucione temporalmente con una ventana emergente de la siguiente manera:

ventana = open('confirmacion.php', 'alerta', 'width=280, height=280, left=500, top=200, location=no, directories=no, menubar=no, status=no, toolbar=no, scroolbar=no ');
      setTimeout('ventana.close()','2000');

Donde confiracion.php es un archivo que cree que muestra el  mensaje de confirmación, no le puse estilos solo pegue una imagen! espero les sirva a algunos!

También puedes:

alert = function() {console.log(arguments[0]);};
 

Claro que de esta manera, TODOS los alerts enviarán el mensaje a la consola.
O incluso puedes combinar las dos cosas, de manera que los alerts desemboquen en esas ventanas que hayas encontrado, de tal modo que sí se puedan cerrar automáticamente, pero que no pierdan su esencia de ventanas. Lo que no sabría decirte es cómo hacerlo para que la ventana sea código-bloqueante, igual que lo es el alert.
Venga, un saludo!