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Supongamos que tengo un registro que se repite varias veces,


Necesito eliminar los ultimos 3 registros, dejando el primero, como identifico las filas a eliminar.

Y tu primary key ?  Si tienes algún identificador único (auto-increment) es bastante fácil.

Ejemplo:
ID   ID1    ID2     ID3
1     204    5616   45
2     204    5616   45
3     204    5616   45
4     204    5616   45

DELETE p1 FROM shellroot AS p1,shellroot AS p2 WHERE p1.ID > p2.ID AND p1.ID1=p2.ID1 AND p1.ID2=p2.ID2 AND p1.ID3=p2.ID3

Esto hará eliminar todas menos ID=1.

Sino, puedes mirar esto:
http://www.databasejournal.com/features/mysql/article.php/10897_2201621_2/Deleting-Duplicate-Rows-in-a-MySQL-Database.htm

La idea es crear una tabla temporal, meter todos los registros usando DISTINCT borrar la tabla principal y volver a crearla con registros de la temporal.

Saludos

El problema es que aveces pueden ser 1, 2, 3, 4, ... elementos duplicados. Pero lo acabe de solucionar agregando un valor autonumerico y después eliminarlo.