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Buenas, quisiera saber si es posible instalar un programa en batch evitando que aparezca ventana alguna (evitar tener que marcar opciones y dar siguiente, siguiente) pero pudiendo a la hora de configurar el bat, configurar tambien las opciones a instalar. Gracias.

Tu pregunta no tiene nada que ver con Batch, sinó con el instalador.

Hay varios tipos de instaladores, al igual que varios tipos de móviles y varios tipos de sistemas operativos,
debes informarte con cual InstallBuilder ha sido creado ese installer, y luego buscar sus opciones desatendidas (Silent switches).

EDITO:

Además, en caso de ser un WindowsInstaller (MSI), se pueden programar de muchas maneras, se puede nombrar cada opción (paquete) como al programador del instalador le haya dado la gana nombrarlos, solo vas a saber como se llaman buscando en Google para visitar la documentación de soporte del fabricante, y leer, o usando el editor de MSI Orca para saber los nombres de los atributos y las "opciones" de ese installer,
reálmente lo que estás pidiendo es lo mismo que pedir que te lea el futuro un adivino, porque es imposible saberlo sin que des los datos necesarios.

Si se trata de un MSI y es un instalador de algún programa conocido, segúramente la información que necesites ya está por los rincones de Google.

...El archivo bat sería algo así:

Saludos.

a no ser que seas vos el que invento el programa ;) es dificil