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Si tengo un controlador en una carpeta asi es/home, y tengo otro asi en/home, porque cuando invoco el en/home me muestra siempre el es/home?

Tengo que cambiar de nombre el controlador por aca carpeta?

no, tu puedes tener los controladores que desees con el mismo nombre pero en diferente directorios y para CI eso es irrelevante, lo más probable es que estés llamando a la vista es/home desde en/home y por eso siempre te muestra la misma, eso suele pasar sobre todo cuando haces un copy & paste de un controlador para editarlo y olvidas ese detalle tonto.

Shell Root, segun como lo mencionas esta bien claro que se puede hacer como lo planteas, ahora sube algo de codigo para ver donde puede ser que esta tu error....