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Bueno, estaba yo en mi clase aburrido y se me ocurrio esto (para cifrar mensajes):
Se parece bastante al vigenere...

Vamos a poner unas cuantas letras numeradas, los numeros pueden ser los que quieras, pero siempre los mismos... Ponte que cojemos estos: a=3 b=5 c=1 d=4 e=2
Tu mensaje es este: 'abedac'  Y tu contraseña esta: 'ed'
Entonces quedaria así: abedac = 352431
                                      ededed = 242424
(si la contraseña no tiene la misma longitud que la frase se repite hasta alcanzarla).

Entonces sumamos los numeros de la contraseña a los de la frase. En este caso quedaria asi: 59455. Si intentamos ver que letras corresponden a estos números nos saldra una frase que no es, y si no sabemos la contraseña no sabremos los números que hay que restarle para que salga la conbinacion cuyos números correspondan a las letras que componen la frase.

Tengo que decir que no se nada de criptografia, así que si es algo tonto o absurdo no hace falta meterse conmigo. Yo solo quiero saber si se ha inventado esto ya antes, y si es asi como se llama.
Un saludo y gracias por leer esto.

Bueno es un cifrado de sustitución múltiple, es una variación del vigénere como bien decís. Leete los posts sobre criptografía simétrica, sobre como se aplica, lo que es un PRNG, el keystream, hay mucha información y cualquier duda que tengas estamos aquí para ayudarte.
Saludos!
APOKLIPTICO.