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Hola, empaquete una aplicación con molebox pero los antivirus me la detectan como malware, alguna forma para hacer que no la detecten como malware?

Si: no uses molebox...  ;D

A mí me pasó exactamente lo mismo. Yo compré -legalmente- hace años una licencia de Molebox (que recuerdo que no fue nada barata) porque necesitaba crear distintas aplicaciones sin dependencias.
Conclusión: todas mis aplicaciones dan falsos positivos por muchos antivirus. Mi solución fue no renovar la licencia e ir poco a poco quitando Molebox a todos mis programas.

A mí Molebox me parece un excelente programa y es una lástima lo de los falsos positivos, pero hay que pensar que con Molebox se puede esconder también malware. Sé que hay aplicaciones que lo usan y no son consideradas como falsos positivos, no sé lo que harán tal vez enviar a las empresas de seguridad información respecto de sus proyectos. Sobre esto último recuerdo que existe algún proyecto para mostrar cómo está programada tu aplicación, por ejemplo, echa un vistazo a PAD (Portable Application Description).

Cuéntanos cómo lo resuelves...

Crea tu propio packer, es muy enriquecedor :P

Saludos,
Nox.