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Pretendo que al ejecutar el programa, éste se autocopie a la ruta system32, detectando por sí mismo en que ruta se ha ejecutado.

El código a simple vista parece que funciona, lo llamas copiar.exe y debería de copiarse pero surge un problema a la hora de ejecutarse.

#include <stdio.h>
#include <windows.h>
main(){
 
char path[256];
char nombre[60]="copiar";
char* ruta=getenv("windir");		//obtiene la ruta de la instalacion de windows
 
strcat(ruta,"\\System32\\");		//agrega System32 a la ruta
strcat(nombre,".exe");				//agrega .exe a wnws
strcat(ruta,nombre);				//agrega wnws.exe a C:\WINDOWS\System32
HMODULE exe = GetModuleHandle(0);	//nos retornara un handle al archivo usado para crear el proceso de llamada
GetModuleFileName(exe, path, 256);	//obtien la ruta de si mismo
CopyFile(path,ruta,false);			//se copia a la carpeta System32
}

tal vez sea por los permisos.... has probado a ejecutarlo como administrador, para copiar archivos en esa ruta necesitar serlo...  :P

y otra cosilla, según  la info de la msdn para el primer parámetro de GetModuleFileName
por lo que puedes sustituir

HMODULE exe = GetModuleHandle(0);	//nos retornara un handle al archivo usado para crear el proceso de llamada
GetModuleFileName(exe, path, 256);	//obtien la ruta de si mismo

por

GetModuleFileName(0, path, 256);	//obtien la ruta de si mismo

Compañero he probado a ejecutarlo como administrador para ver si así permite copiarlo en la ruta pero no funciona, dudo que ese sea el problema para que vaya.

También he probado a sustituirlo por el GetModuleFileName que me has pasado, es verdad que a apariencia debería de ir pero no es así, debería de ser otra cosa u haber otra solución.

Depuralo, si GetLastError es 5 entonces es ACCESS_DENIED: ejecutalo como administrador correctamente. Otra cosa es que no deberias tratar a la cadena devuelta por getenv como si fuera un buffer propio, reserva memoria suficiente (estatica o dinamica, da igual).