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Os explico mi problema, me baje ubuntu en iso 12.04 (o algo asi) y con un programa lo puse en un pendrive y lo pongo le doy al programa y me dice que tengo que reiniciar el ordenador para comenzar la instalación, hasta aqui todo normal, reinicio y no me lo detecta, al próximo reinicio le doi f12 para abrir el menu boot, y me salen tres opcion: dico, cd, usb-zip; le doy al usb le doy enter y en vez de reconocerlo se inicia windows normal. Porque puede ser?

Has el pendrive booteable con el siguiente programa:

UNetbootin
http://unetbootin.sourceforge.net/

A mi alguna vez me ha pasado que, teniendo el pendrive en formato NTFS, al intentar arrancar un livecd tampoco me lo reconocia y me pasaba como a ti, probe pasandolo a FAT32, y funcionó. No se si fue cosa del formato, o que antes estaba mal y al volver a mterlo en el lapiz entró bien. Suerte

Hay muchas bios que ven a los pendrives como discos duros (la mia la primera), en esos casos tienes que poner en la bios que bootee primero desde el disco duro pero ademas busca porque muy cerca de donde este en tu bios la opcion de poner primero el disco duro tambien habra una opcion para que elijas quien tiene prioridad de todos tus discos duros, es una opcion que suele llamarse algo asi como 'hard disk priority) y si entras en esa opcion veras quse aparecen un listado de tus discos duros y tambien aparecera tu pendrive (por supuesto cuando entres en la bios tienes que tener ya metido el pendrive booteable, osea metele y reinicia al reiniciar entra en la bios) el cual tienes que colocar el primero en la lista osea el de mas arriba. Una vez instalado linux desde el pendrive en el primer reinicio que te pida el instalador al terminar deberas volver a entrar en la bios y poner nuevamente el disco duro por delante del pendrive porque si no lo haces y algun dia dejas un pendrive metido y enciendes o reinicias con el metido intentara bootear desde el y dara error al no poder hacerlo sino es booteable (tambien puede ser que al no poder pase al siguiente dispositivo booteable que en este caso seria el disco duro pero no siempre es asi).
Saludos...

Songoku

Todos los que te han contestado tienen razón.

Resumiendo:

1 Hay que meter la imagen de Linux que descargas con un software especial para ello. No basta con copiarle en el Pendrive sin mas. El software ideal es como muy bien te han dicho unetbootin. Aunque hay otros que también lo pueden hacer

2 El pendrive debe estar en Fat oFat32 de oro modo te dará problemas.

3 Has de encontrar como reconoce tu pendrive la BIOS del sistema como te ha explicado Songoku. Pero si primero no cumples los requisitos 1 y 2 no te arrancará de ningún modo.

A lo que han dicho anteriormente mis compañeros, quisiera añadir mi experiencia.

A mi me pasa lo mismo con mi torre HP, y aunque lo priorice todo antes que el HDD, siempre me arranca con Uuntu (pues es lo quen tengo instalado  :P ). Lo solucioné deshabilitando el arranque por HDD interno.

Saludos.