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Muchas Gracias!!

for (int i=0; i<A.length; i++)
        {
            S[i]=Double.parseDouble(JOptionPane.showInputDialog("Salario Base: "));
 
        }
        for (int i=0; i<A.length; i++)
        {
            T[i]=(I[i]*D[i])-S[i];
        }

Esos A.length son S.length y T.length en ese orden.

...

Thanks!

El error no es por eso si checas los 3 arreglos son de 3, por lo que no importa, el error esta en

T[i]=(I[i]*D[i])-S[i];

Ya que la variable D, es de solo 1 su tamaño entonces para indicarselo debemos colocar directamente el numero 0(1-1 = 0 , arreglos inician desde 0), quedando asi:

T[i]=(I[i]*D[0])-S[i];

A como lo veo la solucion seria esa.