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Bueno en realidad no se trata de eliminarlos sino de ignorarlos, mejor os enseño un cacho del codigo para que me entendais mejor:
if(esIgual){
  cout<<l+1<<" "<<apertura.nombre<<" "<<apertura.variacion<<endl;
  posicion[l]=x
  l=l+1;
  x=x+1;
}
Es un fichero binario con mas de 2000 aperturas que contienen nombres de aperturas y variaciones(ajedrez), y yo tengo que extraer los nombres y las variaciones y mostrarlos por pantalla, el problema es que el fichero esta modificado apropósito para que incluya algún duplicado(los nombres de las aperturas pueden duplicarse, las variaciones no), cada vez que el código encuentra una apertura que contenga parte de la cadena de texto introducida por el usuario (ejemplo: cadena:pol --> apertura.nombre -->polish) la imprime por pantalla (y mas cosas, pero eso no viene al caso xd) entonces me gustaría saber como puedo hacer que no ejecute el if de ahi arriba si ya ha imprimido algun cout igual, ejemplo:
(["polish"][variation"1"]Bien
 ["polish"][variation"1"]Mal
 ["polish"][variation"2"]Bien)
El fichero es muy grande y de la forma que tenia pensado hacerla es muy lenta y se acaba colgando xD, nose si existirá alguna función que detecte copias en el fichero binario o puff ni idea la verdad solo quiero algún consejo de por donde tirar y a ser posible que no provoque el cuelgue del ordenador XD

vale ya puede cerrarse este post, no estaban duplicados, sino que yo tenia en el codigo un fallo y provocaba que el ultimo se imprimiera 2 veces u.u pero ya esta arreglado