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Estoy quitando el fondo a una imagen con GIMP usando el selector de color, pero la imagen tiene pixeles del mismo color (de fondo) del que quiero eliminar (es un color plano), esos pixeles que son parte de la imagen y son del mismo color del fondo no los quiero eliminar. Entonces como hago para deseleccionar áreas específicas, pero que las demás se queden seleccionadas?

Prueba de ir a la pestaña color y haz clic encima de la opción color alfa, te saldrá una ventana en la cual habrá una opción para triar el color, en esta seleccionas el color que quieras hacer desaparecer y le das en aceptar, y listo.

Por otro lado, recuerda que si el área de color a seleccionar está separarda de el resto de color de fondo con otros colores de por medio, basta con pillar la herramienta que selecciona colores por área (varita mágica) y hacer Ctrl+Click, lo cual deseleccionará el área en cuestión, dejando seleccionado el resto.

En caso de que no haya separación entre el color de fondo y el de la imagen, un truco puede ser crearla tu, con un píxel de ancho, hacer este proceso y luego eliminarla, si no recuerdo mal puedes hacerlo con detectar bordes, enviando el resultado a una nueva capa. Yo, como soy un chapuzas, a veces lo hago manualmente y luego aplico un poco de desenfoque gausiano y ya está.