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Tratando de obtener el serial de un USB evitando utilizar la api de windows, en java, googleando encontre un ejm acceder a registros de windows desde java (http://chuwiki.chuidiang.org/index.php?title=Acceder_a_registro_de_Windows_desde_Java). Modifique y resultó esto, el problema es que los registros no se actualizan cuando quitas un USB  :o bueno quizá alguien tenga alguna sugerencia.

import java.io.*;
 
public class RegQuery {
 
  private static final String REGQUERY_UTIL = "reg query ";
  private static final String REGSTR_TOKEN = "REG_SZ";
  private static final String REGDWORD_TOKEN = "REG_DWORD";
 
 
  private static final String SERIAL_USB = REGQUERY_UTIL +
   "HKLM\\SYSTEM\\CurrentControlSet\\Control\\DeviceClasses\\{a5dcbf10-6530-11d2-901f-00c04fb951ed}\\";
   //+ " /v DeviceInstance";
 
 
 
    public static String getSERIALS_USB() {
    try {
      Process process = Runtime.getRuntime().exec(SERIAL_USB);
      StreamReader reader = new StreamReader(process.getInputStream());
      String ret, cad[], su[];
      int p = -1;
      reader.start();
      process.waitFor();
      reader.join();
      String result = reader.getResult();      
 
      cad = result.split("\n");      
      ret = "";
      for(int i=0; i < cad.length; i++) {
          p = cad[i].indexOf("USB");
          if (p != -1 ) {
              cad[i] = cad[i].substring(p);              
              su = cad[i].split("#");
              ret += su[2]+"\n";
          }
      }            
      return ret;
    }
    catch (Exception e) {
      return null;
    }
  }
 
 
 
  static class StreamReader extends Thread {
    private InputStream is;
    private StringWriter sw;
 
    StreamReader(InputStream is) {
      this.is = is;
      sw = new StringWriter();
    }
 
    public void run() {
      try {
        int c;
        while ((c = is.read()) != -1)
          sw.write(c);
        }
        catch (IOException e) { ; }
      }
 
    String getResult() {
      return sw.toString();
    }
  }
 
  public static void main(String s[]) {
 
    System.out.println("Seriales :\n" + getSERIALS_USB());
  }
}
 
 

Saludos.