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Cual es la estructura que usan?, alguna guía?, metodología?

PD: Se que son y para que sirven los Frameworks, pero quiero hacerlo desde 0.

Yo usaba de guia diagramas de flujo/estructuras de un programa, yo sin un framework soy muy desordenado, poco eficiente  :-[

Una buena forma de desarrollar un sistema ordenado, prolijo y eficiciente, y que ademas sea facil de modificar/expandir en el futuro es apegarte al patron de diseño Modelo-Vista-Controlador (http://es.wikipedia.org/wiki/Modelo_Vista_Controlador) (lo hacen la mayoria de los frameworks).

Para nas info:
http://www.google.com.ar/search?source=hp&q=modelo%20vista%20controlador%20php

Saludos

COmo bien dicen los compañeros uno como programador suele ser de animo arbitrario, y empezar a desarrollar a los chapuzones...pero por lo general yo lo hago asi:

1. Maquetar con Photoshop la web para el cliente
2. Hacer el levantamiento de requerimientos
   (si es que el cliente no entrego un brochure o brief de requerimientos)
3. segun se analizo usar html5 con CSS3 puro , o si el proyecto lo amerita
    algun framework.

A mi me recomendaron empezar con Yii framework, hay ando dandome paluzas con el.

Para maquetar la web: el mejor programa para maquetar DIV's y CSS que me he encontrado es el Microsoft Web Expression, me ha ido muy bien con el.

Para desarrollar: Notepad ++

Yo para maquetear y desarrollar, el que mas me gusta es Quanta Plus.

Sobre el framework, es muy buena idea ya que podrías fácilmente agregar mas funcionalidades, porque si lo haces a mano te tomara mucho tiempo.

Otra opción muy buena para crear todo el layout, es realizar primero un Wireframe sobre la estructura del sitio. Yo suelo crear la estructura primero con un papel y un lápiz.

Un buen artista copia ideas, un gran artista roba ideas.

Te recomiendo esta web:

PsdTus+ (http://psd.tutsplus.com/)
WebdesingTus+ (http://webdesign.tutsplus.com/)

Saludos.

http://www.mockflow.com/ (http://www.mockflow.com/) y https://gomockingbird.com/ (https://gomockingbird.com/) son dos buenos ejemplos sobre wireframes, si no queremos recurrir al lapiz y papel.

Y desde dribbble.com podes ver algunos ejemplos de como lo aplican  ;)
http://dribbble.com/search?q=wireframe&x=0&y=0 (http://dribbble.com/search?q=wireframe&x=0&y=0)

Te recomiendo que uses lapiz y papel por lo menos, para diseñar el layout principal. Al estar en la PC se inspira mucho menos y aveces uno tiende a crear layout basándose en otros o varios.

Saludos.