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A la hora de desarrollar un programa profesional ¿cómo se hace la interfaz?, si es a mano o no ¿depende del lenguaje? ¿qué ventajas tiene hacerlo a mano?

Depende de que estés utilizando. Si hay herramientas disponibles a mano como designers/plugins/etc normal que se utilicen para hacer el trabajo mas rápido.

Hacer el código de la interfaz desde cero tiene la ventaja de poder ver como funciona todo y para luego a la hora de utilizar herramientas que automaticen la tarea, uno pueda también modificar a gusto para lograr el producto deseado y resolver los errores que puedan suceder sin tener que estar una semana investigando.

Se me ocurren ejemplos como Qt, Swing y demás. En la mayoría podrás hacer el código a mano sin problemas pero en reglas generales nunca lo harás tan rápido y sin errores que utilizando como se debe un designer.

Saludos

Entonces hacer el código a mano, no se usa. Pero he visto que el visual editor, hablando de java, en netbeans genera mucho código "raro" lo que se pudiera hacer en muchas menos líneas y más limpio. O sea genera mucho código basura como le dicen.

Siempre están los que odian los diseñadores y prefieren codificar todo a mano. No esta mal, siempre y cuando sea igual de productivo y eficiente codificando a mano que utilizando algún plugin. Si luego la interfaz esta llena de fallas lógicas entonces hay que pensar nuevamente la ventaja de codificar a mano.

Lo del código basura es un riesgo en toda herramienta automática. A mas simple sea a nivel código la interfaz mas puede ser la chance que al utilizar un
designer aparezca código basura. Pero depende de la herramienta utilizada y cuan optimizada este.

Saludos