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Lo instalé por el Centro de Sofware, instalé: MySQL-client-5.1, mysql-server-5.1, Administrador mySql, Visor de consultas mysql y tinyca, en ese mismo orden según el historial del centro de software.

No sé bregar mucho con base de datos, pero estoy aprendiendo. Lo primero que hice fue abrir el administrador MySQL, desde ahí abrí el Conecction Editor y cree una conexión, con un nombre, un nombre de usuario, una contraseña, en hostname puse 127.0.0.1 (también prové con localhost), el puerto por defecto(3306, también probé con 3305, 3307, 9999, 953)

Cuando le doy a conectar me sale este error:

Si hago clic en ping, funciona bien, recibo datos y envío normalmente.

Siguiendo instrucciones por internet, probé este comando para crear o modificar el usuario root:

y me da el mismo error: 'Access denied for user 'root'@'localhost' (using password: NO)'

También probé con
para saber el puerto en que estaba escuchando (creo que para eso es el comando) y pusé ese puerto, pero no funciona.

A la hora de instalacion te debio pedir la contraseña de root :P

No me la pidió, creo que solo la pide cuando se instala por consola. Lo instalé por el Centro de Software.

https://help.ubuntu.com/11.10/serverguide/C/mysql.html

Ups, fijate si esto funciona :
http://www.ubuntugeek.com/reset-the-root-password-on-mysql.html
si el init script no está así, entonces probá esto : https://help.ubuntu.com/community/MysqlPasswordReset

Saludos.

Ya lo habia arreglado, es que en algun momento cree un usuario, pero no sabia para que era, es mas que ni me di cuenta cuando lo cree. Era cuestion de loguearme con ese usuario.  ;D