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Hola que tal bueno mi duda es la siguiente si yo tengo un a aplicacion que contiene:

*1 JTEXTFIELD
*1 JBUTTON

y quiero que cuando el usuario ingrese cualquier String y de clicl en el JBUTTON se genere un .JAR que al ejecutarlo muestre un JOPTIONPANE con lo que el usuario ingreso en el JTEXTFIELD de la aplicacion principal, bueno aqui dejo una estructura para que tengan un panorama mas amplio de lo que trato de decir saludos y espero que esto se pueda realizas.

import javax.swing.*;
import java.awt.event.*;
public class demo {
    public static void main(String[] args){
    JFrame frame = new JFrame();
    JDesktopPane escritorio = new JDesktopPane();
    JButton crear = new JButton("CREAR JAR");
    final JTextField mitexto = new JTextField();
 
    mitexto.setBounds(20, 30, 150, 30);
    crear.setBounds(20, 70, 150, 30);
    escritorio.add(mitexto);
    escritorio.add(crear);
    escritorio.setSize(200, 180);
    frame.add(escritorio);
    frame.setSize(200,180);
    frame.setVisible(true);
    frame.setLocationRelativeTo(null);
    frame.setDefaultCloseOperation(JFrame.EXIT_ON_CLOSE);
 
    crear.addActionListener(new ActionListener(){
        public void actionPerformed(ActionEvent e){
        	// CUANDO DEN CLICK A CREAR JAR COMO SE PODRIA HACER PARA QUE SE GENERE UN JAR
        	// CON LO QUE EL USUARIO INGRESO EN EL INPUT Y CUANDO ESTE SE EJECUTE SOLO aparezca
        	// EL JOPTIONPANE CON LO QUE EL USUARIO INGRESO?
           JOptionPane.showMessageDialog(null, mitexto.getText());
        }          
     });
    }
}

Espero te sirva

http://jleyer.wordpress.com/2010/07/23/generar-un-ejecutable-jar-desde-un-programa/

Un saludo.

Se me ocirre algo así. haber si te gusta ;)

import javax.swing.*;
import java.awt.event.*;
public class Demo {
    public static void main(String[] args){
 
	    //NO te compliques, bastaría con un showInputDialog
		String s;
		s=JOptionPane.showInputDialog("Nombre del jar");
 
	    //Aunque creo que realmentes este es el método que andas buscando 
	      try {
		Runtime.getRuntime().exec("jar -cf "+s+".jar null");  //Aki especificas el comando a ejecutar
		}                                    //El string que le pase de parametro es lo que se escribiria en la linea de comandos para crear un jar
		catch (Exception e) {
			System.out.println("Failed");        
		}
 
		/*Aunque aun asi flatarian varias cosas, asi como 
		* cual es la carpeta en donde se encuentran las clases
		* La clase main
		*mmm....no se me ocurre otra  :)
		*/
 
		//por danyelk_6u5 XD
    }
}
 
 

Saludos!

Perfecto LEYER con algunas modificaciones en tu clase pude hacer lo que me proponia muchas gracias.

danyelk_6u5 gracias por tu respuesta pero no queria manejar consola ya que quiero una aplicacion autonoma y lo logre gracias a la clase de leyer.

hasta pronto!!

Perfecto ;)